Fundado por monseñor Ángel Cuniberti el día 19 de marzo de 1965 en conmemoración a la fiesta patronal de San José. Se crea  el seminario menor con el objetivo de tener un semillero de sacerdotes caquetenses. El primer rector fue el P. Bruno Kumer y el vicerector P. Bruno Lepier. El 01 de abril de ese mismo año llegan los primeros 39 seminaristas alumnos de los colegios vocacionales Juan Bautista Migani y La Salle. Los encargados de la construcción de estas instalaciones fueron los Padres  Ezio Ssoma Dosse y   Juan Viessi.  Actualmente funciona en estas instalaciones  el seminario menor San José y el Seminario Mayor Diocesano San José.

Fuente: Lina Paola Roa Bustamante